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DGGE（一代）
利用PCR-DGGE技术对土壤、环境污泥、水样、动物肠道内容物、酒曲、窖泥等环境中的微生物菌系进行半定量和多样性分析。实验包括：引物设计，基因组DNA电泳图， PCR电泳图， DGGE电泳图，聚类分析图，主成份分析图和多样性分析；DGGE胶图主要条带标注，DGGE胶中特异条带的回收，特异条带PCR扩增，特异条带克隆测序，序列比对分析，种属系统发育分析
DGGE（一代）
利用PCR-DGGE技术对土壤、环境污泥、水样、动物肠道内容物、酒曲、窖泥等环境中的微生物菌系进行半定量和多样性分析。实验包括：引物设计，基因组DNA电泳图， PCR电泳图， DGGE电泳图，聚类分析图，主成份分析图和多样性分析；DGGE胶图主要条带标注，DGGE胶中特异条带的回收，特异条带PCR扩增，特异条带克隆测序，序列比对分析，种属系统发育分析
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高通量扩增子测序（二代）
微生物多样性是基于 Illumina 测序平台，利用双末端测序（Paired-End）的方法， 构建小片段文库进行测序。通过对 Reads 拼接过滤，序列去噪或者OTUs（Operational Taxonomic Units）分组，并进行物种注释及丰度分析，可以揭示样品的物种构成； 进一步进行α多样性分析（Alpha Diversity）、β多样性分析（Beta Diversity）等等，可以挖掘样品之间的差异。
高通量扩增子测序（二代）
微生物多样性是基于 Illumina 测序平台，利用双末端测序（Paired-End）的方法， 构建小片段文库进行测序。通过对 Reads 拼接过滤，序列去噪或者OTUs（Operational Taxonomic Units）分组，并进行物种注释及丰度分析，可以揭示样品的物种构成； 进一步进行α多样性分析（Alpha Diversity）、β多样性分析（Beta Diversity）等等，可以挖掘样品之间的差异。
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全基因组测序（三代）
近年来，随着高通量测序技术的发展，三代测序逐渐成为基因组研究的新兴手段。Pacbio、 Nanopore 等第三代测序技术有效的解决了二代测序读长短，无法跨过基因组高重复区域的问题。当下， Nanopore 测序技术作为三代测序的后起之秀，因其读长长、产出高、价格低的优势开始被广泛应用于测序界。该平台利用纳米孔进行实时测序，没有读长限制，可以直接读取超长片段的序列信息，得到超长的 reads。 Nanopore 测序即纳米孔测序，其原理是:纳米孔蛋白作为生物传感器，插入由合成聚合物形成的膜中。此外，核酸分子会与马达蛋白（Motor Protein）连接，该马达蛋白一方面对双链进行解链，使核酸单链在电泳的作用下通过特定的纳米孔蛋白，另一方面可控制 DNA/RNA 分子的移动速度，保证碱基逐一地穿过纳米孔，产生稳定可靠的电信号。由于不同碱基的带电性质不同，通过检测电信号的差异就能检测出通过纳米孔的碱基类别，实现测序
全基因组测序（三代）
近年来，随着高通量测序技术的发展，三代测序逐渐成为基因组研究的新兴手段。Pacbio、 Nanopore 等第三代测序技术有效的解决了二代测序读长短，无法跨过基因组高重复区域的问题。当下， Nanopore 测序技术作为三代测序的后起之秀，因其读长长、产出高、价格低的优势开始被广泛应用于测序界。该平台利用纳米孔进行实时测序，没有读长限制，可以直接读取超长片段的序列信息，得到超长的 reads。 Nanopore 测序即纳米孔测序，其原理是:纳米孔蛋白作为生物传感器，插入由合成聚合物形成的膜中。此外，核酸分子会与马达蛋白（Motor Protein）连接，该马达蛋白一方面对双链进行解链，使核酸单链在电泳的作用下通过特定的纳米孔蛋白，另一方面可控制 DNA/RNA 分子的移动速度，保证碱基逐一地穿过纳米孔，产生稳定可靠的电信号。由于不同碱基的带电性质不同，通过检测电信号的差异就能检测出通过纳米孔的碱基类别，实现测序
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16S rDNA文库构建
使用PCR方法扩增特定环境样品中混合细菌16S rDNA，使用TA克隆方法构建细菌16S rDNA文库，挑选阳性克隆测定细菌16S rDNA部分序列，并与GenBank中已知序列进行同源性比较，获得特定环境中的细菌群落结构和细菌多样性信息。
16S rDNA文库构建
使用PCR方法扩增特定环境样品中混合细菌16S rDNA，使用TA克隆方法构建细菌16S rDNA文库，挑选阳性克隆测定细菌16S rDNA部分序列，并与GenBank中已知序列进行同源性比较，获得特定环境中的细菌群落结构和细菌多样性信息。
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RFLP限制性片段长度多态性
RFLP(Restriction Fragment Length Polymorphism,限制片段长度多态性)，是用特异性引物对混合微生物群体DNA提取物进行PCR扩增，然后用适当的限制性内切酶对扩增产物进行 消化，由于序列的差异，呈现酶切图谱的 DNA多态性。该方法已被广泛用于基因组遗传图谱构建、基因定位以及生物进化和分类的研究。T-RFLP技术依据细菌16S rRNA基因保守区设计通用引物，以待分析样品DNA为模板进行PCR扩增，所得到的PCR产物采用特定的的限制性内切酶进行酶切。由于在细菌之间16S rRNA序列中核苷酸序列的差异，酶切后会产生很多不同长度的限制性片段。通过检测分析这些酶切片段大小即可反应微生物群落组成情况。
RFLP限制性片段长度多态性
RFLP(Restriction Fragment Length Polymorphism,限制片段长度多态性)，是用特异性引物对混合微生物群体DNA提取物进行PCR扩增，然后用适当的限制性内切酶对扩增产物进行 消化，由于序列的差异，呈现酶切图谱的 DNA多态性。该方法已被广泛用于基因组遗传图谱构建、基因定位以及生物进化和分类的研究。T-RFLP技术依据细菌16S rRNA基因保守区设计通用引物，以待分析样品DNA为模板进行PCR扩增，所得到的PCR产物采用特定的的限制性内切酶进行酶切。由于在细菌之间16S rRNA序列中核苷酸序列的差异，酶切后会产生很多不同长度的限制性片段。通过检测分析这些酶切片段大小即可反应微生物群落组成情况。
